Το Ταμείο διοικείται από το εννεαμελές Διοικητικό Συμβούλιο (Δ.Σ.) και τον Πρόεδρο του Δ.Σ. Ο Διευθυντής του ΠΤΑ διευθύνει και συντονίζει τα τέσσερα τμήματα του Ταμείου, που είναι:
Το Περιφερειακό Ταμείο Ανάπτυξης Κεντρικής Μακεδονίας στελεχώνεται με προσωπικό υψηλής εξειδίκευσης, με μεγάλη εμπειρία στην περιφερειακή ανάπτυξη, την οικονομική διαχείριση έργων, προγραμμάτων, μελετών, προμηθειών και δράσεων κοινωνικών δομών και αποτελείται κυρίως από υπαλλήλους που έχουν αποσπαστεί από Δημόσιες Υπηρεσίες ή Νομικά πρόσωπα του Δημοσίου τομέα, εντός των ορίων της Περιφέρειας. Επιπλέον, στο προσωπικό του Ταμείου, κατά διαστήματα, εντάσσονται και εξωτερικοί συνεργάτες που παρέχουν τις υπηρεσίες τους σε θέματα ειδικού επιστημονικού ενδιαφέροντος.
