Οι αρμοδιότητες του Τμήματος Επιστημονικοτεχνικής Υποστήριξης και Υλοποίησης Προγραμμάτων είναι η τεχνική υποστήριξη της Περιφέρειας και ιδίως στον τομέα της εκπόνησης μελετών και ερευνών και εφαρμογής προγραμμάτων που αναθέτει στο Ταμείο η Περιφέρεια για την αποδοτικότερη αξιοποίηση των πόρων και η συμμετοχή σε προγράμματα της ΕΕ, ε εκτέλεση έργων, η παροχή υπηρεσιών και η εφαρμογή προγραμμάτων για λογαριασμό του Ταμείου.