Οι αρμοδιότητες του Τμήματος Οικονομικών Υπηρεσιών είναι η σύνταξη και παρακολούθηση υλοποίησης ετήσιου προϋπολογισμού εσόδων, εξόδων, έργων και επενδύσεων του Ταμείου, η σύνταξη ισολογισμού, απολογισμού και λογαριασμού αποτελεσμάτων χρήσης, ο έλεγχος των δαπανών, η βεβαίωση τελών, δικαιωμάτων και εισφορών, η σύναψη δανείων, λογιστήριο, η μισθοδοσία, οι προμήθειες, η ταμιακή διαχείριση του Ταμείου, καθώς και θέματα περιουσίας του Ταμείου.